CPA-LABテクニカル

http://phptips.seesaa.net/archives/200703-1.htmlが詳しい。

まずは
pear -vでベースを把握し、pear helpで勉強して
.pearrcをユーザールートに作る。
で

pear config-set bin_dir /home/example/pear/bin
pear config-set doc_dir /home/example/pear/PEAR/docs
pear config-set ext_dir /home/example/pear/PEAR/extensions
pear config-set php_dir /home/example/pear/PEAR
pear config-set cache_dir /home/example/pear/PEAR/cache
pear config-set data_dir /home/example/pear/PEAR/data
pear config-set php_bin /home/example/bin/php5
pear config-set test_dir /home/example/pear/PEAR/tests
pear config-set download_dir /home/example/pear/temp/download
pear config-set temp_dir /home/example/pear/temp

http://pear.php.net/manual/ja/installation.cli.php

も参照